Od 1997 roku pracuje w Instytucie Psychiatrii i Neurologii, gdzie przez wiele lat kierował Zakładem Badań nad Alkoholizmem i Toksykomaniami (1981–1986) a następnie w latach 1998–2020. Równolegle pełnił funkcje kierownika Biura ds. Współpracy ze WHO (1993–2004) oraz kierownika Zakładu Organizacji Ochrony Zdrowia (2006–2011).
Działalność naukowa Zainteresowania badawcze Moskalewicza obejmują społeczne i ekonomiczne konsekwencje używania substancji psychoaktywnych, porównawcze badania międzykulturowe wzorów picia oraz politykę alkoholową i zdrowotną w Polsce i na świecie. Obok badań na temat substancji psychoaktywnych, prowadził badania w zakresie zaburzeń psychicznych. Był inicjatorem i współkoordynatorem pionierskich badań nad rozpowszechnieniem i uwarunkowaniami zaburzeń psychicznych w Polsce znanych jako EZOP i EZOP 2. Był członkiem-założycielem i wiceprezydentem Kettil Bruun Society for Social and Epidemiological Research on Alcohol oraz wiceprezydentem Science Group of European Alcohol and Health Forum Komisji Europejskiej, współpracował jako ekspert i/lub konsultant z WHO, UNICEF i UNODC.