Klimat Teren parku narodowego znajduje się w strefie klimatu równikowego o średniej miesięcznej temperaturze powietrza wynoszącej 24–27 °C. Dość wyraźnie zaznacza się jednak piętrowość klimatyczna; wraz ze wzrostem wysokości temperatura maleje, a nocami na szczycie masywu Pico Basilé zdarzają się nawet przymrozki. Opady deszczu są obfite, dzięki czemu obszar parku przecinają liczne strumienie i rzeki tworzące głębokie wąwozy. W ciągu roku występują dwie pory deszczowe, które trwają od marca do czerwca i od września do listopada.
Roślinność i flora thumb|left| rosnący na terenie parku (1913) Park narodowy charakteryzuje się dużą różnorodnością biologiczną, zarówno pod względem flory, jak i fauny. Główną formacją roślinną jest wilgotny las równikowy, na położonych wyżej terenach występują tropikalne wilgotne lasy górskie, natomiast powyżej 3000 m n.p.m. rośnie flora subalpejska.
Wilgotny las równikowy pierwotnie porastał całą wyspę Bioko, został on jednak częściowo wykarczowany pod uprawę kakaowców i współcześnie zajmuje niewielkie połacie terenu.