Architektura i zbiory Budynek biblioteki to arcydzieło sztuki barokowej. Składa się z trzech monumentalnych sal połączonych zdobionymi łukami. Wnętrza charakteryzują się niezwykłym bogactwem dekoracji – ściany w całości pokrywają regały wykonane z egzotycznych, złoconych i polichromowanych gatunków drewna (m.in. teczyna, palisander i heban), sprowadzanych głównie z Brazylii. Sufity zdobią iluzjonistyczne malowidła (trompe-l'œil) autorstwa Simõesa Ribeiro i Vicente’a Nunesa, przedstawiające alegorie związane z wiedzą i sztuką. Zbiory biblioteki liczą około 60 000 woluminów, pochodzących głównie z okresu od XVI do XVIII wieku. Specjalizują się one w tematyce prawa, filozofii i teologii i obejmują wiele europejskich rzadkich druków.
Nietoperze jako ochrona przed owadami W bibliotece mieszkają nietoperze, które w nocy polują na owady zagrażające książkom. Aby chronić meble przed odchodami przykrywa się je, a podłogi codziennie czyści.
Stan obecny Biblioteca Joanina jest jednym z najważniejszych zabytków Portugalii, sklasyfikowanym jako Pomnik Narodowy.