Oberstleutnant), objął stanowisko zastępcy dowódcy 12. Pułku Dragonów. Po awansie na pułkownika (niem. Oberst) w 1870 roku został wykładowcą w Akademii Wojennej w Wiedniu, a w 1877 roku, już w stopniu generała majora (niem. Generalmajor), objął dowództwo nad 7. Brygadą Piechoty. Dowodzona przez niego jednostka została oddelegowana w 1878 roku do sił okupujących Bośnię i Hercegowinę. W Bośni objął tymczasowe dowództwo nad 4. Dywizją Piechoty,a następnie stanął na czele 72. Brygady Piechoty. W 1882 roku awansował na marszałka polnego porucznika (niem. Feldmarschalleutnant) i otrzymał pod swoje rozkazy 6. Dywizję Piechoty. Na początku marca 1886 roku został mianowany zastępcą dowódcy Landwehry i stanowisko to pełnił do 1889 roku, czyli do objęcia dowództwa nad 7. Korpusem w Timișoarze, z jednoczesnym awansem na generała artylerii (niem. Feldzeugmeister). Po śmierci aryksięcia Albrechta w 1895 roku utworzono stanowisko Generalnych Inspektorów Sił Zbrojnych Austro-Węgier (niem. General-Truppen-Inspektoren). W 1898 roku Johann von Waldstätten został jednym z trzech Inspektorów Sił Zbrojnych i pozostawał nim do przejścia na emeryturę w 1905 roku. W 1908 roku, decyzją cesarza Franciszka Józefa, pozostający w stanie spoczynku von Waldstätten otrzymał stopień generała piechoty (niem. General der Infanterie).