W zimie 1941 roku, kiedy Allen dopiero rozpoczynał naukę w liceum, jego matka nalegała, aby zabrać ją na terapię do domu opieki w Lakewood w stanie New Jersey. Naomi Ginsberg spędziła większość z ostatnich piętnastu lat swojego życia w szpitalach psychiatrycznych, gdzie leczona była za pomocą elektrowstrząsów i lobotomii. Ostatecznie, zmarła w szpitalu Pilgrim State w 1956 roku. Choroba psychiczna oraz śmierć matki miały traumatyczny wpływ na Ginsberga, który do końca swojego życia pisywał wiersze o niestabilnym stanie psychicznym swojej matki.
W 1943 roku ukończył szkołę średnią Eastside High School, a następnie przez krótki czas uczęszczał do Montclair State College zanim otrzymał stypendium Young Men’s Hebrew Association of Paterson od Columbia University, gdzie też w tym samym roku rozpoczął studia. To też w jednym z akademików tego uniwersytetu, zlokalizowanym na 122 Zachodniej Ulicy, Allen Ginsberg poznał Luciena Carra, a ich pierwsze spotkanie odbyło się przy akompaniamencie muzyki Johannesa Brahmsa.