Na ołtarzu głównym znajduje się niegdyś słynny z łask obraz Matki Boskiej Czernikowskiej. Następne przebudowy doprowadziły do powstania wielopoziomowego ołtarza głównego oraz dwóch naw bocznych. W okresie potopu szwedzkiego wieś została niemal całkowicie wyludniona na skutek głodu i epidemii. W położonym nieopodal Zębowie zachował się cmentarz epidemiczny ofiar cholery z lat 1658 i 1831. W końcu XVIII wieku Czernikowo i Steklin przeszły w ręce rodu Nałęczów. Hrabia Antoni Norbert Nałęcz obiecywał powstanie szkoły na stałe. Czernikowo, po ślubie Barbary Nałęczówny i Kwiryna Zielińskiego znalazło się w rękach Zielińskich, pobudowano dwór drewniany, podmurowany, który został zniszczony w 1945 roku. Natomiast w połowie XIX w. wybudowano ładny dwór późnoklasycystyczny w Steklinie, z aleją spacerową nad jezioro, z pięknym parkiemhttps://www.czernikowo.pl/1138,historia.
Na mocy II rozbioru Polski w 1793 roku cała ziemia dobrzyńska z Czernikowem znalazła się przejściowo na obszarze zaboru pruskiego, co przyczyniło się do intensywnej kolonizacji niemieckiej ludnością wyznania ewangelicko-augsburskiego. Jednak już w 1807 roku wyzwoloną ziemię dobrzyńską z Czernikowem przyłączono do Księstwa Warszawskiego.