W 1940 roku zmobilizowano cztery duże okręty patrolowe P-13 – P-16 (byłe statki służby nawigacyjnej) i sześć trawlerów rybackich (A-1 – A-6), a także prywatne jachty do celów pomocniczych. Podczas II wojny światowej Belgia została szybko zajęta przez Niemcy w maju 1940 roku, a 26 czerwca Morski Korpus został rozformowany. Tylko jeden trawler zatonął na minie; kilka okrętów zdobyli Niemcy (w tym „Zinnię” i budowany „Artevelde”), kilka mniejszych jednostek internowano w Hiszpanii, a patrolowiec P-16 ewakuował się do Wielkiej Brytanii.

Po ewakuacji władz belgijskich do Wielkiej Brytanii i utworzeniu tam nielicznych belgijskich sił zbrojnych, w składzie marynarki brytyjskiej Royal Navy została powołana we wrześniu 1940 roku sekcja belgijska (Section Belge lub Section Navale). Belgijskie załogi obsadziły w 1942 roku dwie korwety „Godetia” i „Buttercup” i cztery pomocnicze patrolowce, zwrócone w 1944 roku. W 1943 roku natomiast Belgowie przejęli dziewięć trałowców typu MMS, które utworzyły 118. flotyllę trałowców.