Około 1387 roku do wsi należał i był z nią gospodarczo powiązany Młyn Czapury. Znajdował się prawdopodobnie nad wpadającym tu do Warty Koplem. W 1519 roku istniał też drugi młyn, zwany Topolnikiem. Był to obiekt jednokołowy. Młyn wraz z mostem (nie odbudowano) został wysadzony w 1939 roku przez wojsko polskie, aby utrudnić atak wojsk niemieckich na Poznań od południa. Wieś położona była w 1580 roku w powiecie poznańskim województwa poznańskiegoAdolf Pawiński, Polska XVI wieku pod względem geograficzno-statystycznym, t. I, Wielkopolska, Warszawa 1883, s. 13..
22 stycznia 1945 roku pod Czapurami nastąpiło forsowanie pokrytej lodem Warty. Batalion czołgów radzieckich utworzył na zachodnim brzegu Warty przyczółek ułatwiający oddziałom Armii Czerwonej oskrzydlenie Poznania od strony południowej. Wydarzenia te upamiętnia pamiątkowy obelisk wznoszący się przed szkołą w Czapurach, odsłonięty w dniu 9 maja 1975 roku.
W latach 1954–1959 wieś należała i była siedzibą władz gromady Czapury, po przeniesieniu siedziby gromady i zmianie jej nazwy w gromadzie Babki.