Konflikt o granicę wsi powtórzył się w 1408 kiedy to Janusz syn Ciszka był w sporze z Markuszem, Pietraszem oraz Mikołajem z powodu zniszczenia kopców między Ciszkowem, a Górką.
Od XV wieku miejscowość znalazła się w posiadaniu Czarnkowskich z Czarnkowa. W 1476, 1508, 1510 oraz w 1557 źródła odnotowują młyny stojące na rzece Noteci w Ciszkowie. W 1507 bracia Maciej i Sędziwój Czarnkowscy dzielą wieś na dwie części. W 1508 zapłacili oni wiardunki wojenne od 17 półłanków, młyna o jednym kole oraz karczmy.
Miejscowość odnotowana została także w dokumentach podatkowych. W 1509 miał miejsce pobór od 17 półłanków, młyna oraz od sołtysa. W 1510 pobrano podatki od 16 półłanków. W 1510 Ciszkowo obejmuje 17 półłanków, w tym 4 opuszczone, a także jeden łan sołtysi, 7 ogrodów oraz młyn. W 1563 pobór ze wsi zapłacili: kasztelan śremski Wojciech Czarnkowski od 5 łanów, jednego łana sołtysiego i dwóch karczm, a Wojciech Sędziwój Czarnkowski od 4 łanów i karczmy. W 1577 pobór zapłacił kasztelan rogoziński Wojciech Czarnkowski oraz Maciej Bobolecki prawdopodobnie dzierżawca. W 1580 pobór zapłaciła wdowa po Wojciechu Czarnkowskim Barbara od 5,5 łana, jednego zagrodnika, karczmy z rolą.