Pierwszymi znanymi właścicielami Cikowic byli: Wojciech z Bęszyna, Michał i Czcik z Paszkowic oraz Jarosław. Od początku swego istnienia była w rękach szlacheckich i dość często zmieniała właścicieli. Na początku XV wieku właścicielem części Cikowic był podsędek ziemi krakowskiej Piotr Cikowski herbu Radwan, posługujący się najstarszą znaną pieczęcią z wizerunkiem tego herbu pochodzącą z 1443 i 1446 roku. Był bardzo lubiany przez okoliczną szlachtę. Piotr sprzedał swoją część Cikowic w 1418 roku Janowi z Tarnowa. W rękach królewskich wioska znalazła się w 1489 roku. Jan Amor Tarnowski sprzedał je królowi Kazimierzowi Jagiellończykowi wraz ze Stanisławicami, o czym poświadcza kopia dokumentu z 8 stycznia 1489 znajdująca się w Tekach Naruszewicza Biblioteki Czartoryskich. Włączono je do dóbr niepołomickich. W czasie lustracji dóbr królewskich w roku 1564 Cikowice należały do folwarku w Stanisławicach. Zamieszkiwało je 4 kmieci na półłankach, którzy oprócz czynszu oddawali do folwarku m.in. po 2 sery, 30 jajek i 2 koguty. Po 2 kapłony i 24 grosze czynszu musiało płacić 6 cikowskich zagrodników. Mieszkało w wiosce też dwóch sołtysów osadzonych na niewielkich rolach. W osadzie była też karczma.