29 sierpnia 1842 roku na pokładzie brytyjskiego okrętu cumującego na Jangcy pod Nankinem podpisano traktat chińsko-brytyjski kończący I wojnę opiumową. Od 1853 do 1864 roku miasto, pod nazwą Tianjing (), było stolicą tajpingów. W 1911 roku ogłoszono tu powstanie Republiki Chińskiej. W latach 1927–1937 oraz 1945–1949 Nankin pełnił funkcję stolicy Chin i siedziby rządzącego wówczas Kuomintangu.
W latach 1937–1938 okupująca Nankin Cesarska Armia Japońska popełniła masakrę jego mieszkańców i obrońców. Liczbę ofiar oceniono po wojnie na 42 tysiące, ale szacunkowe dane chińskie mówią nawet o 300 tysiącach zabitych.
Obecnie Współczesny Nankin to wielki ośrodek gospodarczy, dynamicznie się rozwijający. W okresie 1980–2000 zanotowano tu dwunastokrotny wzrost PKB w przeliczeniu na 1 mieszkańca. Nieustannie dokonuje się nowych inwestycji, w dużej mierze zagranicznych. Działa tu 9 specjalnych stref o dogodnych warunkach dla inwestorów. w 1997 r. ukończono budowę nowoczesnego, międzynarodowego portu lotniczego Lukou. Do 2010 r. planuje się wybudowanie m.in. kilku kolejnych dróg ekspresowych, mostu na Jangcy oraz przebudowę portu dla statków pasażerskich. W Nankinie reprezentowanych jest ponad 40 różnych gałęzi przemysłu. Szczególnie rozwinęła się produkcja nowoczesnych wyrobów elektrotechnicznych, zwłaszcza dla telekomunikacji.