Podczas zaboru pruskiego miejscowość nosiła nazwę Chwalischew.
W miejscowym zwyczaju funkcjonuje również podział miejscowości na następujące części: Chwaliszew (od Czarnej Wody na wschód), Piaski (zachodnia część do rzeki Czarna Woda), Piekło (czworaki obok dworku, ul. Krótka), Zapłocie (część południowa, ul. Spokojna, Południowa – dawniej Chwaliszewek), Jobki (przysiółek w części wschodniej), Sobki (przysiółek w części południowo-wschodniej)
Historia thumb|left|230px|Stara chałupa drewniana Pierwsze ślady osadnictwa na terenie Chwaliszewa pochodzą z epoki kamienia/epoki brązu. W roku 1952 na użytkowanej rolniczo wydmie prowadzone były (przez Alicję i Leona Łuków) badania archeologiczne. Znaleziono podczas ich trwania szczątki narzędzi kamiennych i naczyń glinianych, datowanych (prawdopodobnie) na przełom epoki kamienia i brązu. Nieopodal wsi znajdują się kurhany z epoki brązu, przypisywane kulturze łużyckiej.
Pierwsze pisemne wzmianki o Chwaliszewie pochodzą z 1521 r., choć wiadomo, iż pierwszy kościół w miejscowości istniał już w XIV wieku. W roku 1793 Chwaliszew znalazł się w granicach zaboru pruskiego.