W latach 1938-1949 tymczasowa siedziba kuomintangowskiego rządu Chin. Jako taka w latach wojny chińsko - japońskiej miasto stało się celem licznych ataków lotniczych.
W latach od 1941 do 1948 roku znajdował się tam Tymczasowy Rząd Korei na uchodźstwie, która była okupowana przez Japonię od 1910 roku. Wcześniej rząd znajdował się w Szanghaju, lecz po zajęciu tego miasta przez wojska japońskie został przeniesiony do Chongqingu.
Miasto należało do prowincji Syczuan do 1997 roku, kiedy wyodrębniono je wraz z szeroko pojętymi przedmieściami.
Geografia Chongqing zlokalizowane jest na skraju Kotliny Syczuańskiej u ujścia rzeki Jialing Jiang do Jangcy. Obszar ten charakteryzuje się wybitnie górzystym ukształtowaniem terenu (pasma górskie Daba Shan na północy oraz Góry Wu na wschodzie), co determinuje unikalną strukturę urbanistyczną miasta, potocznie nazywanego w Chinach „Górskim Miastem” (Shancheng). We wschodniej części regionu swój początek ma przełom rzeki Jangcy, znany jako Trzy Przełomy Jangcy.