Wyspy stały się miejscem pielgrzymek w XII i XIV wieku. Mnisi ostatecznie opuścili wyspę około 1550, kiedy wyspy nie były już uznawane za sanktuarium, stając się ośrodkiem handlu i ruchliwym portem. Większość handlu odbywała się z Irlandią (zwykle Dublinem). Eksportowano głównie różne rodzaje tkanin, artykuły przemysłowe, takie jak gwoździe, noże, kubki, talerze drewniane, niewielkie ilości cukru, rodzynek, pieprzu i okazjonalnie węgiel z pokładów Deeside. Importowano przede wszystkim skóry przeznaczone dla rozwijającego się przemysłu skórzanego w Chester. Handel rozwinął się do tego stopnia, że ustanowiono komorę celną w celu pobierania podatków od towarów.
Wyspy Hilbre były również punktem zaokrętowania dla transportu wojsk, koni i sprzętu do Irlandii podczas irlandzkich wojen Elżbiety I i ponownie podczas irlandzkiej kampanii Cromwella. W 1692 zbudowano małą fabrykę, która miała wytwarzać sól kamienną.