Dla organizatorów Tour de France bożyszcze francuskich kibiców był „persona non grata” i jego udział w „Wielkiej Pętli” stał się możliwy wyłącznie dzięki interwencji ze strony władz UCI. W tym wyścigu nie pozostał anonimowy, zajął ósme miejsce w klasyfikacji generalnej i raz jeszcze nie miał sobie równych w zbieraniu punktów na górskich premiach. Rok później wciąż jeżdżąc w barwach Team Polti dotarł do szóstego miejsca w Tourze i zdołał wygrać dramatyczny alpejski etap do Morzine. Podczas niego to nowy patron wyścigu Amerykanin Lance Armstrong „umierał z głodu” na przełęczy Joux-Plane, zaś towarzysz Virenque' a w kluczowej akcji Hiszpan Roberto Heras wpadł na barierki kilometr przed metą. Niespodziewanie jednak tym razem francuski góral znalazł pogromców w swej ulubionej rywalizacji o prymat wśród wspinaczy (wygrali kolarze Kelme – Kolumbijczyk Santiago Botero przed Baskiem Javierem Otxoa).
W 2001 roku Virenque przed sądem przyznał się do przyjmowania zabronionych środków dopingujących.