Z początkiem wieku XVII miasto przeszło na własność innowierczej rodziny Mycielskich herbu Dołęga. W 1612 r. Krzysztof Mycielski potwierdził przywileje braci czeskich. Zofia i Krzysztof Mycielscy w 1619 r. zastawili miasteczko Chocz i wieś Kwilenie z przyległościami Dobrogostowi i Zofii Brzechwom. Kontrakt jest źródłem informacji dotyczących majątku Mycielskich. Dobrami przyległymi były wsie Olesiec i Mycielinko. W puszczy stacjonowali strzelcy, po jednym w Kwileniu i Mycielinku. W mieście prowadzili działalność piekarze, piwowarzy, wytwarzający wódkę oraz jazowi rybacy.
W roku 1620 Chocz został przejęty przez ród Lipskich herbu Grabie z Lipego. Najpierw właścicielem był Prokop, później Andrzej Lipski. Andrzej Lipski, syn Jana, wychowany był w wierze ewangelicko-reformowanej. Pobierał nauki na różnowierczej Akademii w Strasburgu (później studiował też w Heidelbergu), gdzie w roku 1592 wystąpił z obroną pewnej tezy prawniczej. Zaraz po powrocie do kraju przeszedł na katolicyzm. W 1603 r. przyjął święcenia kapłańskie. W 1616 r. został mianowany biskupem łuckim (do 1622 r.), a w 1623 r. biskupem kujawskim (do 1631 r.). W 1620 r., po śmierci Stanisława Żółkiewskiego, objął urząd kanclerza wielkiego koronnego. W 1630 został biskupem krakowskim. Będąc gorliwym katolikiem Andrzej usunął z Chocza innowierców, odbierając im kościół św.