W 1896 roku stan zdrowia Henry’ego zaczął się pogarszać wskutek zarażenia gruźlicą. W 1897 i 1898 roku odbył jeszcze ze Schwarzem wyprawy do Arizony w nadziei na poprawę zdrowia. Nie nadeszła ona jednak i w 1899 roku Hubbard zmarł na Florydzie.
Praca naukowa Hubbard jest autorem około 70 publikacji naukowych. Zajmował się w nich m.in. koleopterologią, entomologią stosowaną i ekologią owadów. Odbywał liczne wyprawy entomologiczne do różnych miejsc w Stanach Zjednoczonych, a także do Kanady i na Antyle. W 1877 roku dołączył jako przyrodnik do Geological Survey of Kentucky, dzięki czemu przebadał faunę kilku jaskiń regionu, w tym Mammoth Cave. Wkrótce potem badał również entomofaunę jaskiń na Jamajce i Florydzie. Wniósł tym samym istotny wkład w początki biospeleologii. Wykazywał również zainteresowanie innymi unikalnymi mikrosiedliskami, badając zgrupowania owadów nor wykopanych przez żółwie czy pustynne gryzonie, gorących źródeł Yellowstone oraz karnegii olbrzymiej. Od zatrudnienia w 1880 roku przez United States Entomological Commission rozpoczął intensywne badania nad szkodnikami upraw cytrusów na Florydzie. Na ich podstawie w 1885 roku opublikował najbardziej znaną ze swoich prac, Insects Affecting the Orange.