Nazwa Cekcyn wywodzona jest z legendy o jednorękim rycerzu Ciechocie, którego przydomek brzmiał "Cekca"Legenda o rycerzu Cekcy autorstwa Kazimierza Wajdy..
W latach 1954–1972 wieś należała i była siedzibą władz gromady Cekcyn. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa bydgoskiego.
Zabytki Na terenie miejscowości znajduje się zabytkowy rzymskokatolicki, neogotycki kościół parafialny pw. Podwyższenia Krzyża Świętego, wybudowany w latach 1869-1870 z cegły, z 50-metrową wieżąRejestr zabytków nieruchomych – województwo kujawsko-pomorskie [online] [dostęp 2025-09-04] (pol.).. alt=Widok na wschodnią stronę kościoła w Cekcynie|mały|Kościół parafialny w Cekcynie
Współczesność
We wsi znajdują się przystanki: autobusowy i kolejowy (dawniej stacja kolejowa).
We wrześniu 2011 roku oddano do użytku halę widowiskowo-sportową w Cekcynie, wyposażoną m.in. w trybuny i boisko halowe, siłownię, pomieszczenia do gry w tenisa stołowego.
W roku 2012, nad Jeziorem Wielkim Cekcyńskim, otwarto budynek amfiteatru, którego styl nawiązuje do dawnego budownictwa w tym rejonie.