Pistolet P99 został wyposażony w oryginalną odmianę mechanizmu spustowego nazwaną przez producenta Anti-Stress. Z wcześniej przeprowadzonych badań wynikało, że w stresie częste są przypadki mimowolnego ściągnięcia spustu o kilka milimetrów, co może spowodować przypadkowe oddanie strzału. Problem ten rozwiązuje zastosowanie spustu o długiej drodze przy pierwszym ściągnięciu (14 mm), ale przy następnych strzałach skraca się ona do 5 mm. Pistolet można nosić bezpiecznie w kaburze z wprowadzonym nabojem do komory nabojowej. Po przeładowaniu broni należy użyć mechanizmu zwalniającego mechanizm spustowo-uderzeniowy w celu spuszczenia iglicy z zaczepu i jednoczesnego wyhamowania iglicy na specjalnym hamulcu. Podczas oddania pierwszego strzału ściąganie spustu powoduje ponowne napięcie sprężyny iglicy, co znacznie zwiększa opór stawiany przez język spustowy. Jeżeli broń jest noszona z pustą komorą nabojową, to po przeładowaniu nie zwalnia się iglicy przyciskiem, ale od razu prowadzi ogień, ściągając język spustowy.
Inną oryginalną cechą P99 było zastosowanie wymiennych paneli tylnej części chwytu pistoletowego, co umożliwiało dostosowanie obwodu chwytu do wielkości dłoni strzelającego.