Protisty to prawdopodobnie najstarsze eukarionty, które pojawiły się w ewolucji ponad 1,5 miliarda lat temu. Według niektórych szacunków wykonanych metodą zegara molekularnego, wspólny przodek eukariontów, będący protistem, żył ok. 2,3 mld lat temu . Interpretacja skamieniałości jest problematyczna, gdyż w niektórych przypadkach sporne jest, czy są one pochodzenia eukariotycznego, czy prokariotycznego. Jedne z najstarszych skamieniałości, co do których eukariotycznego pochodzenia nie ma wątpliwości, pochodzą sprzed ok. 1,6 mld lat, a należą do taksonu Grypania spiralis. Jako Grypania opisywane są również skamieniałości starsze, ale mogą one być pochodzenia prokariotycznego . Ponadto Grypania spiralis była prawdopodobnie glonem, a więc nie we wszystkich systemach zaliczana byłaby do protistów. Nie jest również jasny status skamieniałości Gabonionta sprzed 2,1 mld lat, które mogą być szczątkami eukariontów, ale też tylko pseudoskamieniałościami.
Budowa Protisty to eukarionty, w większości jednokomórkowe, o zróżnicowanej budowie morfologicznej, o wielkości od 10 μm do kilku milimetrów. W budowie protista można zazwyczaj wyróżnić przód, tył, stronę grzbietową oraz brzuszną. Nie występują tu typowe tkanki.