Dzięki jej wysiłkom – propagowaniu idei pomocy trędowatym u dworów brytyjskiego i rosyjskiego przy równoczesnej zbiórce środków finansowych – w 1897 utworzono w Wilujsku w Jakucji wzorcowe leprozorium. O trudach i misji wyprawy na Syberię napisała w On Sledge and Horseback to Outcast Siberian Lepers (1893). Królewskie Towarzystwo Geograficzne w Londynie uhonorowało ją członkostwem w 1892, od królowej Wiktorii otrzymała złotą broszkę w kształcie anioła. Mimo tych wyrazów najwyższego uznania jej osoba budziła liczne kontrowersje, z których najpoważniejsze w konsekwencjach były oskarżenia co do prawdomówności, intencji działań i rzetelności finansowej wobec osób prywatnych i instytucji. Pomimo opublikowania w On Sledge and Horseback treści dokumentów i fotografii mających uwiarygodnić jej relację, kwestionowano sprawozdawczą wartość książki, a nawet zasadność misji, którą opisywała. Wobec międzynarodowych ataków prasowych, w Nowej Zelandii, USA i Wielkiej Brytanii, niektóre instytucje wycofały się ze wspierania działalności Kate Marsden, a nawet podtrzymywania pamięci o jej zasługach. Aby dać odpór tym niekończącym się oskarżeniom opublikowała w 1921 broszurę My Mission to Siberia: A Vindication.