Doprowadziło to do przejęcia Bożanowa przez aparat fiskalny i wystawienia go na sprzedaż. Wartość wsi Izba Rozrachunkowa oszacowała na 771 talarów. Bożanowem zainteresował się klasztor cystersów w Krzeszowie, który po długich negocjacjach uzyskał w 1658 r. zgodę władz cesarskich na jego zakup. Zapłacił za dobra bożanowskie 1071 talarów płatnych w 3 ratach do 1661 r. Klasztor w Krzeszowie był właścicielem Bożanowa do 1810 r.
Cystersi szybko odbudowali zniszczoną wieś. Zmienili przy tej okazji dotychczasowy podział ziemi tworząc w Bożanowie folwark. Od 1683 r. dobra podlegały pod przeorat w Wierzbnej. W 1685 r. cesarz Leopold I nałożył jednorazowy podatek na dobra nabyte przez instytucje kościelne w ciągu ostatnich 60 lat. Klasztor krzeszowski musiał uiścić 1596 florenów za Bożanów oraz zakupione w trzeciej ćwierci XVII w. Kruków i Zastruże. W 1698 r. cystersi wykupili anulowane rozporządzeniem cesarskim z 1650 r. przywileje warzenia piwa i produkcji słodu. W przypadku Bożanowa kosztowało ich to 900 florenów. W roku 1720 kolejnych 25 florenów zapłacili za prawo wolnej sprzedaży soli. Polityka gospodarcza cystersów przyniosły wymierne rezultaty w postaci wzrostu wartości wsi. W 1765 r. pruskie władze fiskalne oceniły ją na 5247 talarów. Po włączeniu Śląska do państwa pruskiego wzrosły świadczenia podatkowe. O ile w 1722 r.