W 1756 nastąpiła przeprowadzka rodziny Kołłątajów do Nieciesławic w dawnym powiecie stopnickim w województwie sandomierskim. Początkową edukację odebrał w szkołach w Pińczowie, a następnie kształcił się na Akademii Krakowskiej, gdzie uzyskał stopień doktora filozofii (1768). Około 1765 zdecydował się na wybór stanu duchownego. W latach 1770–1774 studiował w Wiedniu, a później w Rzymie, gdzie uzyskał doktorat z prawa i teologii oraz przyjął święcenia kapłańskie. Po powrocie do Polski został kanonikiem krakowskim. Był kapłanem w Pińczowie i Krzyżanowicach Dolnych, członkiem Towarzystwa do Ksiąg Elementarnych, współpracownikiem Komisji Edukacji Narodowej oraz twórcą planu rozbudowy szkół w całym kraju. W latach 1777–1780 z ramienia KEN dokonał reformy Akademii Krakowskiej – wprowadził między innymi wykłady z nauk przyrodniczych i literatury polskiej, uporządkował sprawy majątkowe akademii, a także ułatwił rozwój postępowych idei i poprawił poziom naukowy uczelni. W latach 1782–1786 pełnił funkcję rektora. Przeciwny reformie Uniwersytetu Krakowskiego biskup Kajetan Ignacy Sołtyk nie uznawał jego nominacji na kanonika kapituły krakowskiej, w 1781 ekskomunikował go i pozbawił beneficjówRichard Butterwick, Polska rewolucja a Kościół katolicki 1788-1792, Kraków 2012, s. 219-220..