Jego stanowisko zostało opublikowane zanim Parsons przedstawił swój schemat funkcjonalny, dlatego wielu socjologów odczytało je jako atak na koncepcję Parsonsa.
Teorie średniego zasięgu, które skonstruował, dotyczyły przede wszystkim: ról społecznych grup odniesienia dewiacji społecznej i anomii biurokracji samospełniających się i samodestrukcyjnych przepowiedni (prognoz).
Merton wprowadził do socjologii także szereg pojęć: eufunkcja i dysfunkcja, funkcje jawne i ukryte, względne upośledzenie. W 1968 sformułował tak zwaną strategię Mateusza (w nawiązaniu do przypowieści o talentach z Ewangelii św. Mateusza), inaczej nazywaną zasadą kumulatywnych korzyściArtykuł z Gazety Wyborczej [dostęp 31.12.2015 r.]. Znaczną uwagę poświęcił systemowi normatywnemu w grupie społecznej, dokonując jednocześnie szerokiej typologii grup społecznych i metod adaptacji. Zajmował się także socjologią nauki i metodologią. W 1989 został doktorem honoris causa Uniwersytetu Jagiellońskiego.
Wybrane prace Social Theory and Social Structure (1949) On the Shoulders of Giants: A Shandean Postsript (1965) The Sociology of Science (1973) Sociological Ambivalence and Other Essays (1976) On Social Structure and Science