W XVII wieku Bojany były niewielką osadą związaną przede wszystkim z obsługą gospodarki leśnej i transportowej dóbr biskupich. Lustracja dóbr biskupich z 1650 roku wykazała 11 domów zamieszkanych przez wójtów-woźniców. Zarządcy dóbr starali się ograniczać dalszy rozwój osady ze względu na powodowane przez karczunek zmniejszanie powierzchni Puszczy Białej.
Zniszczenia wojenne i kryzys gospodarczy drugiej połowy XVII wieku doprowadziły do wyludnienia wielu osad puszczańskich. W wizytacji biskupiej z 1763 roku odnotowano w Bojanach 26 mieszkańców. Lustracja z 1773 roku wymieniała natomiast dwie zagrody i trzech gospodarzy. Trzy półwłóczki były obsadzone, a trzy pozostawały puste; miejscowi gospodarze posiadali łącznie sześć wołów.
Po III rozbiorze Polski w 1795 roku tereny na północ od Bugu, w tym okolice Broku i Bojan, znalazły się pod panowaniem Prus. W 1796 roku administracja pruska przejęła dobra kościelne biskupów płockich w Puszczy Białej, przekształcając je w dobra państwowe. W XIX wieku Bojany występowały już w źródłach jako wieś rządowa.