Po wojnie oddzielono drukarnię od wydawnictwa i powstały dwa osobne przedsiębiorstwa. Wydawnictwo weszło w skład większej spółki Księgarnia św. Jacka. Firma ta zajmowała się również sprzedażą książek w sieci swoich katolickich księgarni. Do roku 1949 Księgarnia kontynuowała i rozwijała swoją przedwojenną działalność, potem w Polsce wprowadzono gospodarkę planową, co wiązało się między innymi z reglamentacją papieru, przedstawianiem do zatwierdzenia przez władze planów wydawniczych oraz z wysokimi podatkami od tzw. działalności nieuspołecznionej. Z tego powodu działalność wydawnictwa została zawężona niemal wyłącznie do wydawania katechizmów i modlitewników.
Powolne złagodzenie tych ograniczeń nastąpiło w latach siedemdziesiątych, a w roku 1981 w ramach Komisji Wspólnej Władz PRL i Episkopatu powstał Zespół Roboczy do spraw Wydawnictw Katolickich, który uzyskał dla nich więcej praw (m.in. większy przydział papieru). Radykalną zmianę przyniósł rok 1989, gdy władze państwowe zrezygnowały z gospodarki planowej, a co za tym idzie z reglamentacji papieru i zatwierdzania planów wydawniczych. W tym okresie Księgarnia na powrót poszerzyła swój profil wydawniczy, nawiązując do dawnych tradycji.