Historia Bogdanówka została założona prawdopodobnie na przełomie XVI i XVII w. Nazwa wsi ma pochodzić od zasadźcy, którym miał być rycerz o imieniu Bohdan. W roku 1729 było tu 20 domów oraz sołectwo, do którego należało 1/2 łanu ziemi. Spis z 1750 r. wymieniał we wsi 13 zarębników, 3 zagrodników i 3 młyny. Mieszkańcy, zaliczani do Kliszczaków, zajmowali się m.in. wyrobem gontówDyląg Dariusz, Sadowski Piotr: Beskid Myślenicki. Przewodnik, wyd. III, Oficyna Wydawnicza „Rewasz”, Pruszków 2005, s. 237 . Po likwidacji starostwa lanckorońskiego wieś została włączona do klucza myślenickiego. W 1882 r. jego właścicielka, Cecylia, księżna Lubomirska ufundowała budulec na świątynię, z którego po latach udało się jednak tylko wybudować kaplicę św. Jana Chrzciciela. W końcowym okresie II wojny światowej, dniach 27 i 28 stycznia 1945 r. w rejonie szczytu Koskowej Góry toczyły się zacięte walki pomiędzy wojskami niemieckimi i Armią Czerwoną. Po roku 1947 często ukrywał się tu członek zbrojnego podziemia antykomunistycznego Jan Sałapatek ps. „Orzeł”, pochodzący z sąsiedniej Jachówki. W 1998 r. wybudowano Drogę Krzyżową, prowadzącą do kapliczki na grzbiecie pod Koskową Górą.