Następcy Zdrowskiego odstąpili prawa do wsi franciszkanom z Zamościa. W latach 1744–1745 na mocy zawartych układów zakonnicy odstąpili część gruntów należących do Bodaczowa Tomaszowi Antoniemu Zamoyskiemu, który wzniósł na nich rezydencję nazwaną Klemensowem. W zamian franciszkanie otrzymali „inne, obszerniejsze grunta”. Pod koniec XVIII wieku, za panowania ordynata Aleksandra, Zamoyscy wszczęli proces o rewindykację wsi, jaki przerwano pod rządami ordynata Stanisława. Ostatecznie jednak wieś odebrano franciszkanom i włączono w skład Ordynacji Zamojskiej, co nastąpiło w roku 1812. Inwentarz sporządzony dnia 31 lipca tego roku przez komornika Józefa Sierakowskiego „opisuje budynki po większej części stare i zdezelowane”.
9 kwietnia 1934 z wsi wyłączono folwark Bodaczów o obszarze 220 ha 6048 m² i wraz z Klemensowem włączono go do Szczebrzeszyna..
10 lipca 1943 – wysiedlenie Polaków ze Szczebrzeszyna i okolicznych wsi (Bodaczów, Deszkowice, Rozłopy, Sułów i inne). Wysiedlenia poprzedzały aresztowania mężczyzn, w sumie 1500 osób, których umieszczono najpierw w obozie przejściowym w Zwierzyńcu, skąd większość wywieziono na roboty do Niemiec lub do obozów koncentracyjnych. thumb|Zakłady Tłuszczowe "Viterra Bodaczów" thumb|Kościół pw.