Nazwa Bączal nie jest do końca wyjaśniona, ale pochodzi zapewne od nazwiska (imienia) Bączał lub od potoku przepływającego przez miejscowość. Bączal Górny lokowano na prawie magdeburskim prawdopodobnie w latach 1370–1378 najpewniej przez króla Kazimierza Wielkiego. W okresie średniowiecza wieś była własnością królewską, a później przeszła w ręce szlacheckie, przy czym należała m.in. do rodu Bączalskich mających tutaj swoje gniazdo, a następnie Łętowskich i Kłosińskich.
Bączal Górny od samego początku wchodził w skład parafii z siedzibą w Bączalu Dolnym, która została erygowana najpewniej w 1348 roku. Od końca XVIII wieku do około połowy wieku XIX był siedzibą owej parafii.
W XVII w. miejscowość ta nosiła nazwę Bączal Wyższy, sąsiedni zaś zwał się Bączalem Niższym. Obie miejscowości należały do rodów rycerskich. Własność Opactwa Tynieckiego nazywano Bączalem Opata, obecnie wieś o nazwie Opacie. Przez wioskę przechodził front bitwy pod Gorlicami z maja 1915 roku, czego świadectwem są licznie rozsiane po okolicznych miejscowościach cmentarze wojenne. Podczas II wojny światowej i w latach PRL w miejscowych lasach działał czynnie Ruch Oporu i Armia Krajowa.