W XV w. właścicielem wsi był Jan Bażyński, który przekazał część wsi kapitule warmińskiej. Z Bażyn pochodził Tomasz Bażyński warmiński wójt krajowy. Po Bażyńskich w pierwszych latach XVII w. właścicielem wsi został Jakub Bartsch, który w 1611 odnowił miejscowy kościół. Poświadcza to kamienna tablica inskrypcyjna z jego herbem (z wiewiórką), która znajduje się na zewnętrznej, południowej ścianie świątyni. Po Bartschach właścicielami wsi byli Wastowscy i Ratkowie. W XVIII w. majątek ziemski w Bażynach razem z folwarkami miał powierzchnię ok. 2000 ha. W roku 1818 poprzez małżeństwo Bażyny przeszły w ręce rodziny von Woisky. Ostatnia przedstawicielka tego rodu w 1939 wyszła za barona Marquarda von Printz. Majątek miał wówczas powierzchnię 425 ha.
Obecna nazwa została administracyjnie zatwierdzona 12 listopada 1946Rozporządzenie Ministrów: Administracji Publicznej i Ziem Odzyskanych z dnia 12 listopada 1946 r. o przywróceniu i ustaleniu urzędowych nazw miejscowości (). W latach 1948–1972 Bażyny były siedzibą gromady.
We wsi była stacja kolejowa Bażyny.
Zabytki Do wojewódzkiego rejestru zabytków wpisane są obiektyWykaz zabytków nieruchomych wpisanych do rejestru zabytków - stan na 31.12.2017 woj. warmińsko-mazurskie: