W ramach Twierdzy Kraków w latach 1883–1885 na terenie wsi wzniesiono Fort Artyleryjski 48 „Batowice” zwrócony ku dolinie Dłubni. Ciekawostką jest usypanie podwójnych umocnień do obrony dna fosy, które są śladem wzmocnień fortów starego typu z początków XX w. W 1934 r. przez teren Batowic przeprowadzono odcinek linii kolejowej Kraków – Tunel, dzięki któremu Kraków uzyskał połączenie z Warszawą z pominięciem Śląska.
W Batowicach zachowała się niezwykła kapliczka słupowa z 1 poł. XVII w. ceglana z wmurowanymi w nią majolikowymi taflami ze sceną Ukrzyżowania. W zachowanym na terenie wsi dworze Batowickim w okresie międzywojennym znajdował się zakład dla nerwowo chorych, w czasie II wojny światowej Niemcy założyli tu szkołę dla dziewcząt, a obecnie mieści się w nim Dom Pomocy Społecznej.
Batowice częściowo (południowa część) zostały włączone do Krakowa w 1973 r. i stały się częścią dzielnicy administracyjnej Nowa Huta (obecnie to część Dzielnicy XV Mistrzejowice).
Od Batowic przyjął nazwę obecnie największy cmentarz w Krakowie zwany Batowickim, który znajduje się na terenie sąsiedniego Prądnika Czerwonego.
10 maja 1954 r. w miejscowości zmarł Józef Chełkowski, działacz społeczny i polityczny.