Pod patronatem klasztoru następował rozwój bogatyńskiego rzemiosła. W czasach nowożytnych wieś rozkwitała jako ośrodek tkactwa, zamożność osady wzrastała zagrażając ościennej konkurencji. W 1627 roku, mistrzowie tkaccy z sąsiedniej Żytawy, powołując się na szesnastowieczny przywilej, zniszczyli bogatyńskie warsztaty i zabrali surowiec potrzebny do prac. W XVIII wieku Bogatynia dzięki tkactwu chałupniczemu była już bogatym ośrodkiem, czego dowodem były kunsztowne domy przysłupowo-zrębowe zrujnowane przez powódź z sierpnia 2010 roku.
Od połowy XIX wieku do końca II wojny światowej miasto administracyjnie należało do saksońskiego powiatu żytawskiego. Rozwinął się przemysł lekki i wydobycie węgla brunatnego, a miasto stało się ośrodkiem administracyjnym dla okolicznych gmin.
W 1856 roku Bogatynia otrzymała Saski Sąd Królewski. W 1884 otworzono kolej wąskotorową z Żytawy do Markocic przez Bogatynię, która po 1900 roku została przedłużona do Heřmanic w Czechach. Linię tę zamknięto po 1945 roku.
W 1904 roku podział na Bogatynię klasztorną i żytawską został zniesiony i powstała saska gmina Reichenau.