W listopadzie 1918 rozbrajał Niemców w rodzinnym Włocławku.
W okresie od 3 stycznia do 21 marca 1919 ukończył klasę „L” w warszawskiej Szkole Podchorążych (zwanej także Wojenną Szkołą Podchorążych Piechoty), uzyskując stopień podchorążego. Po zakończeniu nauki przebywał na urlopie, z którego został odwołany w związku z trwającą wojną polsko-bolszewicką. 17 marca 1919 stawił się w 5 pułku piechoty Legionów, do którego został ponownie wcielony. Wziął udział w walkach z Rosją sowiecką dowodząc III plutonem 11. kompanii tegoż pułku.
Wyróżnił się w dniu 3 maja 1919 podczas walk pod Wilnem. Jego pluton osiągnął powodzenie atakując wsie Michałówka i Rukojnie. Podchorąży Stefan Kozłowski został wówczas dwukrotnie ranny przy zdobywaniu trzech karabinów maszynowych. Nie zważając na otrzymane rany zdobył czwarty wrogi km. Przy próbie zdobycia piątego otrzymał kolejną ranę, która okazała się śmiertelna.