Na nic zdały się protesty możnowładców, interwencja deputowanych szlachty województwa krakowskiego, którzy jeszcze w dniu 19 maja 1584 r. żądali u kanclerza, aby sprawę Zborowskiego przekazał do decyzji sejmu. Bez rezultatu – kanclerz podjął decyzję za wcześniejszym werbalnym przyzwoleniem króla Stefana Batorego, który wyraził się o Samuelu Zborowskim: Canis mortuus non mordet (Nieżywy pies nie gryzie).
Kanclerz Zamoyski, który był prawnikiem, w noc poprzedzającą stracenie próbował jeszcze wymóc na Samuelu zeznania dotyczące spisku familii Zborowskich, które sankcjonowałyby wyrok śmierci. Rozmowa odbyła się w cztery oczy i zapewne nie spełniła oczekiwań kanclerza, skoro ten zrewanżował się w sposób niegodny i nieprawny, nie spełniając ostatniego życzenia skazanego – Samuel poprosił o ostatnią posługę ministra (pastora protestanckiego) lub kapłana. Zamoyski odmówił.
Samuel Zborowski został ścięty na dziedzińcu zamku wawelskiego 26 maja 1584. Jego niewprawnie odrąbana głowa skoczyła [...] trzy razy ku Urowieckiemu, aż się jej umykałZ. Ossoliński: Pamiętnik, Warszawa 1983. – jak zapisał w swoim „Pamiętniku” siostrzeniec Zborowskich, wojewoda Jan Zbigniew Ossoliński, świadek stracenia.