Bp Misago przyznał się jedynie do spotkań z politykami Hutu, jednak nie w celu spiskowania, tylko aby rozładować sytuację.
Podczas procesu świadkowie oskarżenia zeznawali na korzyść biskupa, a na sali rozpraw pojawiła się osoba, która według aktu oskarżenia miała zostać zabita przez biskupa. Kobiecie, która zeznawała, że została zgwałcona przez biskupa, udowodniono kłamstwo (nie potrafiła odpowiedzieć jakie charakterystyczne znamię posiada bp Misago na swoim ciele). 15 czerwca 2000 sąd uniewinnił biskupa ze wszystkich zarzutów i nakazał jego natychmiastowe uwolnienie. Śledzące proces zachodnie ambasady uznały go za bardzo uczciwy.
Po uniewinnieniu, bp Misago wyjechał na kilka miesięcy do Europy, celem rekonwalescencji. Mimo gróźb wygłaszanych przez prezydenta Bizimungu i innych głosów odradzających powrót do Rwandy, bp Misago zdecydował się powrócić do swojej diecezji, aby m.in. pozostaniem na emigracji nie uprawdopodobnić pojawiających się twierdzeń, że jego wypuszczenie było efektem porozumienia rządu rwandyjskiego ze Stolicą Apostolską.