Do utworzenia separatystycznego rządu Naddniestrza zarówno politycznie, jak i militarnie przyczyniły się władze rosyjskie. PMR od początku lat 90. XX wieku pozostawała pod decydującym wpływem Rosji, a jej istnienie w pełni zależało od rosyjskiego wsparcia militarnego, gospodarczego i finansowego. Stacjonująca tu 14 Armia rosyjska stała się stroną konfliktu mołdawsko-naddniestrzańskiego. Mimo podpisania stosownego traktatu w Stambule w 1999 roku Rosja dotąd nie wycofała swoich sił zbrojnych z terenów Naddniestrza, traktując je jako bazę dla swojego sprzętu wojskowego. Garnizony miały zostać zlikwidowane do 2003 roku, jednak w czerwcu 2006 rosyjski minister obrony Siergiej Iwanow zapowiedział, że rosyjska armia nie opuści republiki, dopóki w tym regionie „nie zapanuje spokój”. Została ona jedynie zredukowana do około 1800 osób, ale nawet taka liczba żołnierzy zapewnia istnienie niezależnej państwowości Naddniestrza.
Również w czerwcu 2006 roku prezydent Naddniestrza Igor Smirnow zapowiedział zorganizowanie referendum w sprawie niepodległości. Odbyło się ono 17 września 2006. W referendum wzięło udział 78,6% uprawnionych do głosowania, z czego 97,2% opowiedziało się za dążeniem do niepodległości Naddniestrza. Przeciw było 1,9% głosujących.