Dyrektor PISF odpowiada za całokształt działalności Instytutu. Korzystając z opinii ekspertów oceniających wnioski, podejmuje decyzje o dofinansowaniu przedsięwzięć filmowych przez PISF. Kadencja Dyrektora Instytutu trwa 5 lat. Dotychczas funkcję tę pełnili: Agnieszka Odorowicz (3 października 2005 – 2 października 2015) Magdalena Sroka (3 października 2015 – 9 października 2017) Izabela Kiszka-Hoflik (16 października 2017 – 7 grudnia 2017 jako p.o.) Radosław Śmigulski (8 grudnia 2017 – 11 kwietnia 2024) Kamila Dorbach (11 kwietnia 2024 – 3 lipca 2024 jako p.o.) Karolina Rozwód (4 lipca 2024 – 30 października 2024) Kamila Dorbach (od 24 czerwca 2025; wcześniej, od 31 października 2024, jako p.o.)
Rada PISF składa się z 11 członków, tworzą ją przedstawiciele twórców, producentów filmowych, związków zawodowych działających w kinematografii, kin, dystrybutorów, nadawców, operatorów telewizji kablowych i platform cyfrowych. Członków Rady Instytutu powołuje minister kultury i dziedzictwa narodowego na trzyletnią kadencję. Rada PISF opiniuje m.in.