Sukces Diesla okupiony był ogromnym wysiłkiem, licznymi procesami o prawa patentowe i odpieraniem ataków personalnych, co odbiło się negatywnie na psychice wynalazcy, który przeszedł załamanie nerwowe. Diesel sprzedał wówczas prawa do silnika, by zapewnić byt rodzinie po swojej śmierci, którą wówczas uważał za nieuniknioną. Zaangażował się wówczas w ryzykowne transakcje spekulacyjne, które przyniosły mu wiele strat. Po nieoczekiwanym powrocie do zdrowia, sprzedaż patentów pozbawiła go możliwości dalszej pracy nad doskonaleniem silnika.
W 1901 roku Diesel przeprowadził się do Monachium. Po 1908 roku, kiedy patenty przestały obowiązywać, zajął się dalszym doskonaleniem silnika, budując pierwszy silnik o niewielkich rozmiarach, nadający się do stosowania w ciężarówkach i lokomotywach spalinowych. Technika nie była wówczas jednak tak zaawansowana, by zagwarantować sukces komercyjny tych przedsięwzięć. Silnik znalazł zastosowanie w produkcji seryjnej samochodów osobowych dopiero w 1936 roku. Silnik Diesla stosowany był za to z powodzeniem od 1903 roku na statkach.