Wynikają z tego dwie podstawowe zalety filtrów IIR w porównaniu do FIR: niska złożoność obliczeniowa, niewielkie zapotrzebowanie na pamięć operacyjną.
Te zalety spowodowały duże zainteresowanie filtrami IIR i burzliwy rozwój teorii ich projektowania w latach 70. XX w., które przypadają na początki rozwoju technik cyfrowego przetwarzania sygnałów, gdy nie były dostępne procesory o odpowiedniej mocy obliczeniowej.
Do wad filtrów IIR należy zaliczyć: Rekursywność filtru wprowadza potencjalne zagrożenie utraty stabilności (odpowiedź filtru w sposób niekontrolowany narasta do nieskończoności); niestabilność może mieć miejsce wtedy, gdy bieguny transmitancji (miejsca zerowe wielomianu w mianowniku) znajdą się poza okręgiem jednostkowym na płaszczyźnie zespolonej. Projektowanie filtrów IIR jest znacznie trudniejsze niż w przypadku filtrów FIR – nie tylko ze względu na dodatkowy warunek zapewnienia stabilności. Filtry IIR są znacznie bardziej wrażliwe na błędy zaokrągleń: zaokrąglenia wartości współczynników mogą znacząco zmienić charakterystykę, a zaokrąglenia wartości sygnału i wyników pośrednich wprowadzają szum, który może się akumulować. Nie można ich zaimplementować jako filtrów o liniowej fazie, czyli takich, które wprowadzają takie samo opóźnienie grupowe dla wszystkich składowych częstotliwościowych przepuszczanego