Do września 1939 roku zdołano w niej zbudować w całości sześć Łosi. Zaledwie trzy oddano do użytku armii, 6 września dwa odleciały do bazy w lotniczej w Małaszewiczach, a trzeci został uszkodzony podczas próby odlotu. Po niemieckich nalotach z 2 września praca w PZL WP 2 ustała. Cztery dni później kierownictwo fabryki otrzymało rozkaz opuszczenia zakładu i ewakuacji do Lwowa, a następnie na przedmoście rumuńskie. Załoga zakładu przed ewakuacją zniszczyła ważniejsze urządzenia, maszyny produkcyjne, samoloty będące w trakcie produkcji i dokumentację techniczną. Zdewastowano dwa niemal gotowe do lotu Łosie i spalono magazyn paliw. Niemcy przejęli zakład 13 września. Po naprawie zniszczeń w PZL WP2, przemianowanym na Flugzeugwerk, zakład włączono do produkcji i remontów samolotów Luftwaffe, produkując usterzenie do niemieckich samolotów bombowych, m.in. Heinkel He 111 i He 177.
10 kwietnia 1939 roku został utworzony wielosekcyjny klub sportowy PZL Mielec (późniejsza FKS Stal Mielec).