Między 1 a 7 sierpnia okręt wraz z krążownikami „Prinz Adalbert” i „Nymphe” wziął udział w nocnych manewrach, które polegały na odpieraniu pozorowanego ataku holowanych przez krążowniki lekkie torpedowców przez krążownik pancerny (ćwiczenia odbyły się w obecności cesarza Wilhelma II). We wrześniu nastąpiła zmiana dowódcy jednostki – kmdra ppor. Georga Scheida zastąpił kmdr ppor. . Od 8 do 12 października okręty Zespołu przeprowadziły w pobliżu Helgolandu strzelania artyleryjskie oraz nocne manewry z jednostkami 4. Szkolnej Flotylli Niszczycieli (niem. Großen Torpedoboote). Podczas kolejnych ćwiczeń z okrętami 4. Flotylli, 17 listopada „Undine” staranował niszczyciel S 126, przecinając go na dwie części po zderzeniu w okolicy śródokręcia (rufowa część została staranowana także przez S 127). W wyniku kolizji śmierć poniosło 33 członków załogi zatopionego niszczyciela, a uszkodzony S 127 został odholowany przez krążownik do Kilonii.

Od 3 maja do 9 sierpnia 1906 roku krążownik przebywał w stoczni w Wilhelmshaven, przechodząc naprawę uszkodzonego w kolizji dziobu, a po jej zakończeniu uczestniczył w manewrach i ćwiczeniach Zespołu.