Druga runda Losowanie drugiej rundy odbyło się 3 września 2024, zaraz po losowaniu pierwszej rundy. Nie było rozstawienia. 40 drużyn podzielono na cztery grupy po dziesięć drużyn. Drużyny z tej samej grupy zostały wylosowane przeciwko sobie, a gospodarz został ustalony w drodze losowania. Koszyk 1 TSG Hoffenheim AZ Aberdeen Strømsgodset Midtjylland IFK Göteborg Puskás Akadémia Progrès Niedercorn Stjarnan 2 Korriku Prisztina
Koszyk 2 Manchester United Auxerre Genk Dynamo Kijów Pafos Legia Warszawa CSKA Sofia Maribor Žalgiris Wilno Valletta
Koszyk 3 Olympiakos SFP Sassuolo IMT Basel Maccabi Petach Tikwa Farul Konstanca Sabah Baku Daugavpils Tallinna Kalev Sarajevo
Koszyk 4 Real Betis Braga Rapid Wiedeń Trabzonspor Zbrojovka Brno Lokomotiva Zagrzeb Trenčín Dynama Mińsk Kajrat Ałmaty Budućnost Podgorica
Pierwsze mecze zaplanowano na 23 października, a rewanże na 6 listopada 2024. Zwycięzcy dwumeczu awansują do trzeciej rundy.
Trzecia runda Losowanie trzeciej rundy odbyło się 3 września 2024, zaraz po losowaniu pierwszej i drugiej rundy. Nie było rozstawienia. 20 drużyn podzielono na dwie grupy po dziesięć drużyn.