Programy, które nie mają charakteru oprogramowania typu open source, są dla użytkownika czarną skrzynką: Apple iOS, Microsoft Office, Adobe Photoshop – tylko producent ma pełną informację o ich działaniu. Podobnie należy traktować internetowe serwisy usługowe: Google Workspace, Dropbox, Meta Instagram itp.
W programowaniu komputerowym i inżynierii oprogramowania testy czarnej skrzynki służą do sprawdzenia, czy dane wyjściowe programu są zgodne z oczekiwaniami, przy określonych danych wejściowychBeizer, Boris; Black-Box Testing: Techniques for Functional Testing of Software and Systems, 1995, ..
W modelowaniu matematycznym często problemy są klasyfikowane jako czarne skrzynki lub białe skrzynki, w zależności od ilości informacji o badanym układzie posiadanych przed modelowaniem.
W sieciach neuronowych lub algorytmach heurystycznych (terminy komputerowe powszechnie używane do opisu komputerów „uczących się” lub „symulacji sztucznej inteligencji”) czarna skrzynka służy do opisu stale zmieniającej się części środowiska programu, której programiści nie mogą łatwo przetestować.