W sezonie 2002 Belg był w półfinałach turniejowych w Memphis i Scottsdale, a także osiągnął półfinał na Wimbledonie, pokonując m.in. Rosjanina Kafielnikowa, Brytyjczyka Rusedskiego oraz dawnego mistrza tego turnieju Holendra Krajicka; w półfinale, w meczu wielokrotnie przerywanym opadami deszczu i toczonym przez kilka dni, przegrał z Argentyńczykiem Nalbandianem. Wynik ten (a także IV runda Rolanda Garrosa miesiąc wcześniej) dał mu awans na najwyższą pozycję w karierze w rankingu gry pojedynczej - nr 19.
W kolejnych kilku latach Malisse był w następnych finałach turniejowych (2004 St. Poelten, porażka z Filippo Volandrim; 2004 Lyon, porażka z Robinem Söderlingiem), by ostatecznie wygrać swój pierwszy turniej w cyklu ATP World Tour w Delray Beach w 2005 roku po zwycięstwie w finale z Novákiem. Dzięki temu zakończył sezon 2005 pod koniec czołowej „pięćdziesiątki” rankingu. Sezon 2006 rozpoczął od finału turnieju w Adelajdzie, ulegając ostatecznie Francuzowi Florentowi Serze. W kolejnych miesiącach ponownie doszedł do finału w Delray Beach, jednak w decydującym meczu nie sprostał Tommy'emu Haasowi. W 2007 roku Belg zagrał w dwóch finałach, które zakończyły się jego zwycięstwem, najpierw w Ćennaju, a następnie w Delray Beach. Po blisko czterech latach w styczniu 2011 roku Belg doszedł do finału w Ćennaju.