Był organizatorem Zagłębiowskiego Rejonu Organizacyjnego Organizacji Orła Białego jednej z pierwszych okupacyjnych organizacji niepodległościowych po przegranej kampanii wrześniowejKazimierz Płuta-Czachowski, "Organizacja Orła Białego", PAX, Warszawa 1987, .. W listopadzie 1939 roku wyznaczony został na stanowisko komendanta Podokręgu SZP-ZWZ w Zagłębiu Dąbrowskim. W 1941 roku mianowany został komendantem Okręgu Śląskiego ZWZ. W lutym 1942 roku przeniesiony został na stanowisko komendanta Okręgu Poznańskiego AK. Kierowany przez niego okręg należał do najlepiej zorganizowanych. W styczniu 1944 roku został zdradzony przez konfidenta, aresztowany i więziony w siedzibie Gestapo w Poznaniu, a następnie w Forcie VII. W kwietniu przeniesiony został do obozu w Żabikowie i tam 2 czerwca 1944 roku stracony. Komendant Główny AK nadał pośmiertnie Henrykowi Kowalówce Krzyż Złoty Orderu Wojennego Virtuti Militari.
W listopadzie 1995 roku Prezydent RP, Lech Wałęsa mianował go pośmiertnie generałem brygady.
Henryk Kowalówka był żonaty z Izabellą z Mystkowskich, z którą miał dwoje dzieci. Syn Jerzy ps. „Okrzeja” poległ 16 sierpnia 1944 w bitwie pod Diablą Górą jako żołnierz 25 pułku piechoty AK.