Ołtarz główny z trzeciej ćwierci XVIII wieku ma w swym wnętrzu siedemnastowieczny obraz Matki Bożej uważany przez lud za cudowny. W górnej kondygnacji ołtarza znajduje się kamienna figura Matki Bożej Bolesnej przeniesiona tutaj w 1802 r. z kaplicy przydrożnej we wsi Borkowo. Obraz Niepokalanej w ołtarzu Matki Bożej Różańcowej jest gotycki, srebrną sukienkę wykonał w początkach XVIII wieku Siegfried Örnstern z Gdańska.
W kruchcie głównej znajduje się stara średniowieczna kropielnica oraz duży drewniany krucyfiks ludowej roboty. Własnością kościoła są trzy rokokowe feretony. Do 1942 r. na wieży wisiał dzwon Urban z 1561 r., jeden z najstarszych dzwonów diecezji chełmińskiej. Niemcy zabrali go na cele wojenne. Podczas II wojny światowej powstał wiszący w kościele żyrandol, w którym oprawki do świec zrobione zostały ze zbieranych w okolicy łusek po nabojach.
Podczas remontu kościoła w 1995 r. w podziemiach odnaleziono trumny i ludzkie szczątki. W podziemiach kościoła spoczywa też ostatni przeor opactwa cysterskiego w Pelplinie – Maciej Prądzyński (zm. 1829), który po zniesieniu klasztoru został proboszczem w Nowej Cerkwi, zachowując prawo noszenia habitu, pierścienia i krzyża.