Do 1947 stanowisko przełożonego zboru pełnił Stefan Bortniak. Wówczas wraz z innymi mieszkańcami został on wysiedlony w ramach Akcji „Wisła”. Po zakończeniu akcji na terenie obejmowanym działalnością przez zbór w Wysowej pozostało kilka niewysiedlonych wierzących rodzin. Ich członkowie rozpoczęli działalność ewangelizacyjną, na skutek czego do zboru przyłączyły się nowe osoby. Usiłowano również nawiązać kontakt z dawnymi, wysiedlonymi członkami wspólnoty, jednak zabiegi te prowadzone były bezskutecznie z uwagi na blokowanie ich przez aparat państwowy. Dzieci członków zboru w Wysowej padały w tym czasie ofiarami psychicznej i fizycznej przemocy w szkole. Dochodziło także do wybijania szyb w oknach domów wiernych przez innych mieszkańców wsi. Wraz ze wzrostem liczby członków wspólnoty nastawienie okolicznych przedstawicieli innych wyznań w stosunku do wiernych zboru uległo poprawie.
Po Akcji „Wisła” funkcję przełożonych zboru objęli Jan i Jakub Penkalowie, a po nich zaczęli je pełnić Kazimierz Poręba i Franciszek Nocek. W związku z wyjazdem Kazimierza Poręby na Śląsk w 1954 na stanowisku tym zastąpił go Jakub Penkala.
W okresie 1971–1976 przełożonym wspólnoty pozostawał Szymon Justyn, którego w pracy tej wspomagał diakon Jakub Penkala.