Chorągiew tworzą 22 hufce (lipiec 2015). Stan organizacyjny na dzień 1 stycznia 2009 roku wynosił 5825 osób. Komendantem Chorągwi od 2014 jest hm. Mariusz Siudek.
Chorągiew posiada ośrodek szkoleniowo-wypoczynkowy w Piaskach-Drużkowie, w którym od lat 80. odbywają się kursy instruktorskie, szkolenia i biwaki harcerskie.
Komendanci Chorągwi 1919–1939 Komendantki Krakowskiej Chorągwi Harcerek z lat 1919–1939