Do gry wprowadzono także statki, które wcześniej pojawiły się w Warcraft II: Tides of Darkness, ale nie występowały w Warcraft III: Reign of Chaos.
Fabuła Umiejscowiony kilka miesięcy po zakończeniu Warcraft III, The Frozen Throne kontynuuje opowieść z oryginalnej gry, lecz także dodaje całkowicie nowe wątki i zdarzenia, które zostaną później wykorzystane w World of Warcraft. Scenariusz wydarzeń przebiega odmiennie w stosunku do Warcraft III. Najpierw mamy kampanię Strażniczek (ang. Sentinels) – rasa Nocnych Elfów, następnie Krwawych Elfów (ang. Blood Elves) – rasa ludzi i na końcu kampanię plagi (ang. Scourge) – rasa nieumarłych. Kampania orków nie jest powiązana z główną kampanią i opowiada o wydarzeniach dotyczących tejże rasy po wojnie z Legionem. Przygotowuje ona także historię, która zostanie rozszerzona w World of Warcraft.
Kampania Strażniczek: „Fale Grozy” (ang. Sentinels campaign: „Terror of the Tides”)