W okresie Księstwa Warszawskiego klasztor znalazł się w planowanym przez Francuzów pasie praskich umocnień i w 1811 r. rozebrano kościół i klasztor, jednak kaplica Loretańska ocalała dzięki sprzeciwowi miejscowej ludności. Po wyburzeniach na Pradze kaplica stała się jedyną zachowaną praską świątynią. Miejsce przeniesionej przez bernardynów do kościoła św. Anny figury zajęła gotycka rzeźba Maryi z Dzieciątkiem (przełom XV/XVI wieku) zwana Matką Boską Kamionkowską. Rzeźba pochodzi z nieistniejącego kościoła na Kamionku, skąd w 1656 r. przeniesiono ją do kościoła na Skaryszewie. Po zburzeniu tej świątyni przeniesiono ją do kaplicy Loretańskiej. Figura Matki Boskiej Kamionkowskiej jest najstarszym zachowanym zabytkiem rzeźby gotyckiej w Warszawie. Stoi na odwróconym sierpie księżyca, spod którego wyłania się twarz ludzka.
W XIX wieku świątynia przejęła funkcję kościoła parafialnego, którą pełniła do czasu wzniesienia kościoła św. Floriana.
W 1853 r. kaplicę odbudowano i przebudowano według projektu Alfonsa Kropiwnickiego. Kościół zyskał attykę przy wejściu z piętrowym portalem, krużganki i domek loretański przykryto wspólnym dachem, a z dawnych czterech wież narożnych pozostawiono dwie.